Националният център за териториално развитие ЕАД осъществява своята дейност в следните основни направления:
Стратегическо планиране
Обхваща дейности, регламентирани с документите за стратегическо планиране и програмиране съгласно Закона за регионално развитие (ЗРР) – стратегии и планове за регионално развитие и концепции и схеми са пространствено развитие, съответно на национално, регионално, областно и общинско ниво. Националният център разработва двата най-значими документа по ЗРР на национално ниво и много други на по-ниските нива на планиране:
• Националната концепция за пространствено развитие 2013 – 2025 г.;
• Националната стратегия за регионално развитие за периода 2012-2022 г., която НЦТР разработва и в рамките на предишния планов период;
• Два от шестте Регионални плана за развитие за периода 2014 – 2020г.- на Североизточен и на Югозападен райони за планиране;
• Девет от двадесет и осемте Областни стратегии за развитие за периода 2014 – 2020;
• Множество Общински планове за развитие и Концепции за пространствено развитие на общини.
Интегрираните планове за градско възстановяване и развитие (ИПГВР) също са в репертоара на Националния център. Той е изпълнител на ИПГВР на град София – първия и най-комплексен интегриран план за страната. От първата група 36 интегрирани плана, НЦТР е изпълнил три (София, Добрич и Търговище), а от допълнително финансираните – един (Горна Оряховица).
Устройствено планиране
Обхваща дейности, регламентирани със Закона за устройство на територията (ЗУТ) и неговите подзаконови документи – Общи устройствени планове на общини или части от територията на общини (ОУПО), Общи устройствени планове на градове и на селищни образувания (ОУП), Подробни устройствени планове в различен териториален обхват (ПУП). Националният център има дългогодишна практика в тази област. Само след 2000 г. е разработил общите устройствени планове на над 20 общини, градове и курортни селищни образувания, както и множество подробни устройствени планове на структурни части от населени места.
Международно планиране и сътрудничество
Националният център е участвал в редица международни проекти в сферата на градското планиране, проучването и анализа, разработката на стратегии и други документи. Както самостоятелно, така и като част от международен екип, Националният център е предпочитан партньор от Министерство на регионалното развитие и благоустройството за изпълнител на такива задачи. В годините преди 1990 г. екипи на центъра са участвали в разработването на устройствени планове в страните от Северна Африка. В годините след 1990 г. Националният център разработва редица проекти, свързани с участието на България като член на Съвета на Европа.
Разработване и поддържане на ГИС и бази данни
Националният център поддържа значителна информационна база за територията на страната, която непрекъснато се актуализира. В миналото Центърът е поддържал на хартиен носител „дежурна карта“, в която са нанасяни различни изменения и резултативни данни от проекти и нормативни изменения, касаещи конкретни територии. За някои ключови показатели се съхраняват серии от статистически данни от 1986 г. насам.
В днешно време географските информационни системи (ГИС) са естествена среда за разработване повечето проекти на Центъра, който поддържа лицензи за базови ГИС продукти на водещи фирми и някои специфични техни разширения.